Quân Pháp nhanh chóng mở rộng vùng chiếm đóng xuống vùng đồng bằng châu thổ sông Cứu Long: Ngày 25 tháng 10, chiếm Mỹ Tho, Gò Công; ngày 29 tháng 10 chiếm Vĩnh Long; nhày 30 tháng 10 chiếm Cần Thơ. Trước đó, quân đội Anh chiếm Biên Hoà, Thủ Dầu Một và giao lại cho Pháp.

Việt Nam mất Hà Tiên, Rạch Giá, Sóc Trăng, Bạc Liêu vào tháng 1 năm 1946. Tháng 3 năm 1946, quân Anh rút khỏi đây để lại cho Pháp. Ngày 5 tháng 2 năm 1946, Anh-Pháp tiến vào đất mũi Cà Mau.

Tháng 9 năm 1945, quân Anh tiến lên miền duyên hải Nam Trung Bộ đổ bộ lên Nha Trang, tước vũ khí Nhật trang bị cho 2.000 tù binh Pháp và Pháp kiều ở đây. Anh cho quân Nhật chiếm các thị xã Phan Rang, Phan Thiết, Đà Lạt, nhưng đều thất bại.

Ngày 23 tháng 10 năm 1945, Pháp đổ bộ lên Nha Trang, ngay sau đó bị các đội quân dân Việt Nam bao vây trong thành phố. Quân Pháp bị cầm chân gần hai tháng.

Trước sự lan rộng của cuộc chiến, ngày 15 tháng 10 năm 1945, tại Hội nghị cán bộ Đoàn xứ Nam Kỳ họp ở ngoại ô Mỹ Tho, Tôn Đức Thắng được Xứ ủy phân công phụ trách Ủy ban kháng chiến chỉ huy các lực lượng vũ trang Nam Bộ. Ngày 25 tháng 10 năm 1945, Xứ ủy Nam Bộ, do Hoàng Quốc Việt thay mặt Ban Thường vụ Trung ương Đảng chủ trì, đã họp Hội nghị Cán bộ Đảng ở Thiên Hộ, huyện Cái Bè, tỉnh Mỹ Tho. Dự Hội nghị, ngoài Hoàng Quốc Việt, Ủy viên Thường vụ Trung ương Đảng, còn có Lê Duẩn, Tôn Đức Thắng và một số người khác vừa từ Nhà ngục Côn Đảo trở về; có các thành viên trong Xứ ủy và đại biểu Đảng bộ các tỉnh, thành Nam Bộ. Đại hội đã bầu ra một Xứ ủy lâm thời thống nhất có 11 vị, gồm tất cả các vị Tiền phong, Giải phóng, Côn Đảo về. Hội nghị nhất trí bầu Tôn Đức Thắng làm Bí thư Xứ ủy. Tôn Đức Thắng không nhận mà đề cử Lê Duẩn đảm nhận trách nhiệm này. Hội nghị nhất trí và phân công Tôn Đức Thắng phụ trách Ủy ban Kháng chiến và chỉ đạo lực lượng vũ trang.[38] Hội nghị cũng quyết định giải thể để tổ chức lại cơ quan lãnh đạo thống nhất ở những tỉnh, quận có hai Tỉnh ủy, hai Quận ủy và hai hệ thống Việt Minh cũ, Việt Minh mới... đề ra những biện pháp hạn chế quân Pháp.

Đến ngày 4 tháng 12 năm 1945, Pháp chiếm Buôn Ma Thuột; ngày 27 tháng 1 chiếm Đà Lạt; ngày 28 tháng 1 chiếm Phan Rang và cuối cùng là Quy Nhơn, Kon Tum (tháng 7 năm 1946), kiểm soát phía Nam Quốc lộ 1.

Chiến sự tại Tây Nguyên và Nam Trung Bộ cũng khốc liệt như Nam Bộ. Sự kháng cự của quân đội Việt Nam khiến quân Pháp phải bỏ nhiều buôn làng, vị trí mới chiếm được ở Tây Nguyên. Quân đội Việt Nam giành lại thị xã Buôn Ma Thuột vào trung tuần tháng 12.

Cuối tháng 12 năm 1945, để củng cố các tỉnh miền tây, chính quyền Việt Nam tại Nam Bộ đã tước vũ khí quân Nhật ở Hà Tiên, Rạch Giá, Sóc Trăng, Bạc Liêu, đây là nguồn vũ khí đáng kể đầu tiên của quân đội Việt Nam tại Nam Bộ.